Jede WfbM hat ein Eingangsverfahren, einen Berufsbildungsbereich (BBB) und einen Arbeitsbereich. Grundsätzlich muss jeder behinderte Mensch zunächst das Eingangsverfahren und den BBB durchlaufen.

Zweck des Eingangsverfahrens ist es festzustellen, ob die Werkstatt die geeignete Einrichtung zur Teilhabe am Arbeitsleben ist. Das Eingangsverfahren dauert i.d.R. drei Monate. Es kann auf eine Dauer bis zu vier Wochen verkürzt werden.

Der BBB soll ein möglichst breites Angebot an Leistungen zur Teilhabe am Arbeitsleben und Maßnahmen zur Weiterentwicklung der Persönlichkeit umfassen. Die Lehrgänge bestehen aus einem Grund- und einem Aufbaukurs von jeweils zwölfmonatiger Dauer. Daher erhalten die meisten behinderten Menschen die Leistungen im BBB für zwei Jahre.

Sowohl bei dem Eingangsverfahren, als auch beim BBB handelt es sich um Leistungen, die durch die Bundesagentur für Arbeit und nicht durch den Eingliederungshilfeträger erbracht werden.

Der Träger der Eingliederungshilfe erbringt ausschließlich die sich an den BBB anschließenden Leistungen im Arbeitsbereich der WfbM.

Der Arbeitsbereich einer WfbM soll ein möglichst breites Angebot an Arbeitsplätzen umfassen. Die Ausstattung der Arbeitsplätze soll so weit wie möglich der  Ausstattung auf dem allgemeinen Arbeitsmarkt entsprechen. Die WfbM soll den Übergang geeigneter Menschen mit Behinderung auf den allgemeinen Arbeitsmarkt fördern.

Aufgrund des Wahlrechts des behinderten Menschen ist auch eine Kombination von Leistungen in einer WfbM und Leistungen anderer Anbieter zulässig. Dazu ist die Zustimmung des unmittelbar verantwortlichen Leistungserbringers erforderlich.

In einer WfbM kann ein ausgelagerter Arbeitsplatz auch dauerhaft eingerichtet werden. Der behinderte Mensch muss nicht innerhalb einer bestimmten Frist oder nach einer bestimmten Zeit in ein sozialversicherungspflichtiges Beschäftigungsverhältnis auf dem allgemeinen Arbeitsmarkt wechseln.

Der behinderte Beschäftigte steht in einem arbeitnehmerähnlichen Rechtsverhältnis, erhält ein Ausbildungsgeld oder ein Arbeitsentgelt und das Arbeitsförderungsgeld und ist (mit Ausnahme der Arbeitslosenversicherung) sozialversichert.

Die Erprobung einer Beschäftigung als Arbeitnehmer auf dem allgemeinen Arbeitsmarkt ist für den behinderten Menschen ohne Risiko. § 220 Abs. 3 SGB IX garantiert ein Rückkehrrecht in die Werkstatt.